民進黨籍立委段宜康上月21日質詢時表示，海洋委員會的立法過程是糊塗立法，並提案通過暫緩成立海洋委員會的成立，引起環保團體與外界議論紛紛。對此，多個環團特於同月29日前往立法院拜訪表達關切，並確認未來「海洋保育署」、「國家海洋研究院」組織法不會變動。
環團聯合拜會立委段宜康。圖片來源：環境資訊協會、海龍王愛地球協會提供。
海洋保育署暫緩？ 段宜康：大方向不變
3月21日，段宜康質詢時表示，他看不出來馬政府把選舉支票「海洋部」變成「海洋委員會」的道理為何；行政院送出下轄僅有一個三級機關「海巡署」的海洋委員會版本，十分荒唐。他表示，後來海委會之下雖增加了「海洋保育署」，但並未將海巡署與海洋保育署一同完整配套。而現在組織改造更只管海洋委員會及海巡署，因此應該先暫停組織改造的腳步。
「海洋部降為海委會已令人難以接受，如今海洋專業人員更佔不到海委會總員額的1/3，實在有礙台灣海洋開創新局。」海龍王愛地球協會理事長林愛龍表示。荒野保護協會理事長賴榮孝也指出，海洋生態持續惡化，恐怕不能再等上兩、三年以上。
對此，段宜康表示，就目前三讀通過的機關組織法，新政府的態度是原則上不去變動，因此海洋保育署及國家海洋研究院都一定會成立。段宜康說，新政府或許會以不同模式來籌組海委會，避免軍方戒嚴色彩持續影響海洋事務；整體大方向應該有機會在今（2016）年底前定案，不至於拖太久。
環境資訊協會秘書長陳瑞賓則認為，「海委會、海巡署、海洋保育署務要一併考量、一同設立，否則定會擠壓海保署未來的規劃空間，使立法美意大打折扣」，並建議新政府可朝2017年6月8日世界海洋日一同成立的目標努力，讓台灣的海洋事務象徵性的踏上新里程碑。
民間團體總共提出五點訴求：
一、先成立海洋委員會，再徐圖海洋部規劃
二、明年一同成立海洋委員會、海巡署、海洋保育署。海洋研究院亦期待於2017年底前成立。
三、海洋委員會、海洋保育署應有三分之二以上的海洋專業人員
四、公民參與海洋組改籌組規劃機制
五、政府應持續整合海洋事務單位
海洋保育「重岸輕海」 未來執法受關注
中研院生物多樣性研究中心執行長邵廣昭則認為，海洋研究院也非常重要。科技部本月18日已於立法院提出所屬「海洋中心」是否與如何移撥改組為國家海洋研究院之提案，顯示海洋四法通過後，相關單位已逐步準備業務調整。海洋生物資源的惡化有急迫性，再等待更多立法之前，如何讓現有法令有效的執行、管理，更為重要。
然而，海洋保育署未來的執法量能有多少？林愛龍表示，海巡署接受的行政委託事項過於繁多、勤務內容過於繁雜，有礙專心專業的執行海洋保育法規；而且目前岸上人力多於海上人力的「重岸輕海」現象，也十分不合理。
段宜康更表示，他個人傾向海洋保育署有自己的執法量能，這也是他質詢時憂慮的重點，認為實務上海保署若將工作委託給平行機關海巡署去執行，將可預見許多困難，因此未來將會持續關注海上巡護人力配置。
媽祖魚保育聯盟理事文魯彬則詢問，「民進黨是否已經擬好一上任便須立刻處理的海洋前三大或前五大題目呢？」段宜康表示他會協助去了解這問題，並承諾將民間訴求帶到黨中央。民間團體也表示將持續關注海洋組織改造議題，並於本月17日全國環境NGOs會議海洋組繼續進行討論，會議結果將於422世界地球日呈交總統府與準總統蔡英文，歡迎社會大眾參與。
